ちょっと検討してみますね。
ちなみにMarkdownと言っても派閥？によって若干記法が違ったりしているのですが、どれが良いとかありますでしょうか？

>掲示板スレッド階層返信タイプ
ツリー型の掲示板みたいな感じでしょうか？
これ！というサンプルがあればご提示頂けると幸いです。

>Wiki内検索プラグインについて
検討していますが、もうしばらくお待ちください。
ちなみにプラグインである必要ありますか？（上部ツールバーに検索窓作るなどで良いかなと思っているのですが）

デザインをもっと増やして欲しい

markdownに対応してほしいです。