元の質問者です。
ご返信ありがとうございます。
あれから何度も同現象があり、何かしらの不具合なのかもと思い先日運営に問い合わせたところ、同じ強化状況の同名フレームが入れ替わって配置される場合でも変更扱いになる仕様になる、という旨のご返答をいただきました。
同条件のフレームを複数持っていると起きる現象のようです。
見た目にはわからなかったのでそういう仕様で良いのか…？と思いましたが、原因がわかったので良かったです。
お騒がせしましたm(_ _)m

最近編成のアプデがあったのでもしかしたら既に解消済みかもしれませんが…(今更の返信ですみません)

恐らく、実際に編成されているカードが変わっていなくても

おすすめ編成ボタンを押す→一旦編成が全解除される→指定した条件でカードを抽出する→(前と同じ)編成が出来る

という流れが一瞬で行われて(前と同じカードの組み合わせで)編成を作り直してあった為に保存の確認が出たのかと思います。

調べてみましたがわからなかったのでこちらで質問失礼します。

おすすめ編成でチームを組んで運用しています。
編成の内容を変えていない状態から、おすすめ編成ボタンを押すと、時々、編成が変更されています。変更を保存しますか？ と表示されます。
スクショを撮り、メンバーやフレームを確認してもボタン押下前後で何も変更されていないように見えます。
何が変わったのかわからず、気持ち悪い思いをしており、原因を特定したいです。
同様の現象や、もしかしてこれかも、など、何かわかる司令さまがいらっしゃれば教えていただきたいです。
よろしくお願いいたします。