エラーコードTE51-31U2-6025とでてきますSDカードがおかしくなって居るのでしょうか?DchaStateChanger及びNovaDirectlnstallerでの改造昨日が有効です（試験的）は出てきてます

SDカードを抜いて最初の更新は出来ます

Charlesでファイルを入れようとしたところUnable to parse the content of file 'test_environment_info.ml. Please ensure you have selected a valid Charles settings file.と出てきて出来ませんどうすれば良いですか?またmicroSDカードに入れる方法だとチャレンジタッチ本体の赤いバーが出てくる更新が出来ないですどうすれば良いでしょうか?

バグか仕様だと思います。
もし設定の問題でも直す必要はないのでそのままのほうがいいと思います。

チャレンジタッチ総合カスタマイズツールを最新バージョンにアップデートをしたあとサイレントインストールをしたらインストールが完了したと同時にアプリが停止しましたと出てきました。インストールしたアプリや、カスタマイズツールは再起動すれば特に問題はないのですが、これはバグでいいのでしょうか。それとも自分の設定が何か反しているのでしょうか。

https://gh.s1204.me/NovaDirectInstaller/HowTo.html
こちらのサイトの7番までやっていたのですが、
「画面には触れずに そのままお待ちください｡
内部処理が終了後､ 自動的に再起動されます｡」
という画面が表示されませんでした。
どうして表示されないのか有識者さん教えてください( ；∀；)
（改造が有効になっているというのも表示されてます）

全然無知でも大丈夫ですよ。
MicroSDカードでやる方法です。

他人です。横からスミマセン
この方法ってmicroSDカードでやるんですかね？
それともUSBを繋いでやるんでしょうか？
（無知すぎてごめんなさい）

一応、02.04.000以上の物もNova Direct Installerを使えばできます。

ビルド番号が02.04.000以上のもの　以外　の端末でインストールすることができます。
一度adbで以下のコマンドを入力したあとAPKPureなどでインストールしましょう。
adb shell settings put secure install_non_market_apps 1