欧州研究機関D機関
欧州で対黒夜目的で創設された研究機関の一つ。
2368年、第4次世界大戦の本格的戦闘が始まる頃にD機関プログラムが開始される。
始めは人工物での対黒夜戦力製造の研究がおこなわれた。極東研究機関F機関の研究結果である魔石を動力として動く人型兵器を作り出した。これがタイプⅠと呼ばれている。しかし、これらは動きがぎこちなく囮程度の扱いしかできなかった。
その次にタイプⅡとして死体を素体として人間の指揮者の下で活動する人形兵士を作ることにした。しかし、死体では一度身体の機能が止まったためか思うような行動をせず計画は難航した。そこで五体満足で重病の個体を使用することで能力の衰えを抑えることとした。臓器の摘出や脳への処理を施し完成した個体を研究者はタイプⅢと、戦場ではポーン呼んだ。卓越した身体能力を発揮し安定した戦術的価値を提供した。また、貴族に買われ使用人と護衛を兼任した個体もいた。
これらの登場により欧州では戦線を維持できたが、友性黒夜との協力関係の形成等を経て大戦が終結すると研究機関は解体される。しかし、研究員たちは隠れてポーンの製造を続けた。欧州警察によって摘発されたが人員全てとはならなかった。
その後も緩やかなつながりで研究グループが形成され、作られたポーンによって抵抗し長い間完全解体を免れてきた。その後、国家政府からPMaSUに依頼が入りで2430年に殲滅戦が行われた。過激なこれにより摘発を免れてきたと思われる研究員の活動は見られなくなった。
回収された可動可能なポーンは欧州の要人警護やPMaSUの職員、貴族の使用人として保護された。
北米研究機関E機関
北米で黒夜の生態研究を目的で創設された対黒夜研究機関の一つ。
ここでは主に生体での研究を行っていた。アレクセリア・オルトを収容し、研究した結果はD機関の研究の発展につながる。
現在は存在しないが、黒夜医療機関の前身となった。
極東研究機関F機関
黒夜研究を目的で創設された黒夜研究機関の一つ。その為に主に死体を長期保存する研究を行っていた。
黒夜の肉体は死亡してしまうと徐々に消失してしまう。これを防ぐための研究の過程で結晶化させる方法が見つかる。
この結晶化のさらなる研究の結果、さらに加工することで誰でも特殊な能力が使えるもの、通称魔石が作られるようになった。魔石は直接触れる形で所持すれば能力が使えるが、消耗品である。対黒夜の為の重要な物資の一つになる。
現在この組織は解体され、魔石の製造法も抹消された為に魔石は希少品となっている。