それはゲーム上でも起こるはずです。
例題の中にそれが問題になるようなパターンは無いよう配慮したつもりですが、おかしい点などありましたらご指摘頂けると助かります。

守護天使の護衛は成功しているのにバグが調査で消滅した場合1人分の死体（バグ）のみになることは理論上あり得ると思うのですが、ゲーム内で見たことがないので論理破綻しているのでしょうか?

ご指摘ありがとうございます。
修正しました。

ケース11ですけど、守護天使不在の構成のはずなのに、
アイコンリストに守護天使が含まれています。

守護天使のアイコンを消して乗員のアイコンを1つ増やすのが正しいと思われます。

ケース11についてはロジックミスがあった為、設問を修正しました。

ご指摘ありがとうございます。
記載ミス（修正漏れ）でしたので訂正しました。

後半部分については言い回しが良くなかったかと思いますので、修正します。

ケース11の3日目ですがセツがコールドスリープしているのに、
生存者の方にもセツが含まれています。

後、同じケース11のジナ真視点の話ですが、不明な役割は残りバグとグノーシア3体で計4人と書かれていますが、
ドクターの報告からセツかラキオのどちらかがグノーシア確定してるので不明な役割は残りバグとグノーシア2体で計3人ではないでしょうか？
どの道ジナが破綻してることに変わりはありませんが。

2日目に消失なしなので、3日目もバグは生存しています
（守護天使がいないので、消失なしはバグを襲撃したときしかあり得ない）
つまり2日目にコールドスリープしたククルシカはバグではあり得ない
（AC主義者がいないので、本物かグノーシアのどちらか）

よってラキオのククルシカは人間という報告は、絶対に嘘です
（ラキオが本物であれば、ククルシカはバグかグノーシアのどちらかだが、2日目に消失なしのなのでククルシカはグノーシアでないとおかしい）

例題ケース5が最も近い例になると思われます

詳細にかける記述ですみません。訂正があります。　
1日目×消失→ジョナス　◯消失→コメット
　　　CS→ジョナス
2日目ドクター報告　ラキオ、ククルシカ、SQ
　 共にジョナスは人間
　　　CS→ククルシカ
　　　消失→なし
3日目ドクター報告　SQ→ククルシカはグノー
　　　シア　ラキオ→ククルシカは人間
　　　絶対に敵だ→ラキオが指摘されました。
分かりにくい記述で申し訳ありません。

以下の不明点から、記載の内容ではわかりかねます
・1日目にコールドスリープした人は？コールドスリープなしでしょうか？
・コールドスリープした人がいる場合、2日目にドクターCOした人の調査結果は？

スクリーンショットで確認できればそちらの方が良いかと思います