第10回目 インストール

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  • 08/16 17:12 公開
  • 08/31 15:07 分子コードの例を追加,文章の言い回し一部訂正

インストール

Anaconda(アナコンダ)をインストールする

 2020年夏現在,Python プログラムを開発・実行するためには,Anaconda(無料) を使うのが良いとされています。
Anaconda とは,Python の開発に関連するものを一つにまとめたもので,ダウンロードしやすくしたものです。
 Win or Mac など機種に合わせて用意してあるので,それをダウンロードし,起動して,流れにそって,設定をそのまま,クリックしていけばインストールできます。
 参考:環境構築ガイドAnaconda@python.jp


 ここの実習で使っている,Jupyter Notebook は,Anaconda に含まれています。自習では,インストールの手間がいらない,Web で公開されている Azura Notebook を利用しました。


 この回,以後は,それぞれの PC にインストールした,Jupyter Notebook を利用されることをおすすめします。


外部モジュールをインストール


 関数や型(クラス)は,モジュールに保管されており,そのモジュールは,3つに分類されます。

  • 組込みモジュール Python の言語仕様上,ルールとして含まれているもの。利用にあって,import 不要。
  • 標準モジュール 開発環境を構築するとき,いっしょに含まれるもの。利用するには,import が必要
  • 外部モジュール 別途インストールが必要なもの。import も必要。

 プログラムの部品となる型や組を保持することから,モジュールは,ライブラリとも呼ばれる。


pip コマンドでインストールするモジュール


 外部モジュールのインストールは,Python 言語のルールで決めてあるpip コマンドまたはそれ以外を使う必要があります。
 pip コマンドが,その外部モジュールをインターネット上からダウンロード&インストールします。


実習1


  • Anaconda を自分のPCにインストールする。ダウンロードだけで,1時間以上かかる場合あり。
    • このページの上記,参照のこと
  • 自分の PC から,Jupyter Notebook を起動する。Jupyter Lab は,Jupyter Notobook の進化版である。慣れないうちは触らない方がよい。

実習2


 pip コマンドを使って,py3Dmol 外部モジュールをインストールします。以下を 自分のPCの中の Jupyter Notebook のセルで実行してください。


まず,pip コマンド自体を最新に更新します。



!pip install --upgrade pip


次,pip コマンドを使って,py3Dmol 外部モジュール をインストールします。



!pip install py3Dmol


次,py3Dmol モジュールの py3Dmol.view 型変数を使って,ビタミンC の分子を表示します。


import py3Dmol
view = py3Dmol.view(query='cid:5785', viewergrid=(1,2))
view.setStyle({'stick': {}}, viewer=(0,0))
view.setStyle({'sphere': {}}, viewer=(0,1))
view.show()

  • マウスの左ボタンを押したまま動かすと回転
  • マウスの右ボタンを押したまま動かすと拡大・縮小

cid の値が分子を決めます。PubChem ID です。

(⇒ https://ja.wikipedia.org/wiki/PubChem)

  • クエン酸 311
  • 水 962
  • アスピリン 2244
  • インフルエンザA型  141537169
  • インフルエンザB型  DB10775
  • インフルエンザC型  760571
  • アミノ酸各種 第11回目のデータで扱う

課題報告は

  • これを読んだ感想,あれば質問

(報告は必須ではありません)


質問と返答

講義への質問は,suehiro3721p@gmail.com まで


講義メモ(先生のための覚え書き)

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