第１０回目 インストール

このページの変更記録

• 08/16 17:12 公開
• 08/31 15:07 分子コードの例を追加，文章の言い回し一部訂正

インストール

Anaconda(アナコンダ)をインストールする

　2020年夏現在，Python プログラムを開発・実行するためには，Anaconda(無料) を使うのが良いとされています。
Anaconda とは，Python の開発に関連するものを一つにまとめたもので，ダウンロードしやすくしたものです。
　Win or Mac など機種に合わせて用意してあるので，それをダウンロードし，起動して，流れにそって，設定をそのまま，クリックしていけばインストールできます。
　参考：環境構築ガイド[e-mail]

　ここの実習で使っている，Jupyter Notebook は，Anaconda に含まれています。自習では，インストールの手間がいらない，Web で公開されている Azura Notebook を利用しました。

　この回，以後は，それぞれの PC にインストールした，Jupyter Notebook を利用されることをおすすめします。

外部モジュールをインストール

　関数や型(クラス)は，モジュールに保管されており，そのモジュールは，３つに分類されます。

• 組込みモジュール Python の言語仕様上，ルールとして含まれているもの。利用にあって，import 不要。
• 標準モジュール 開発環境を構築するとき，いっしょに含まれるもの。利用するには，import が必要
• 外部モジュール 別途インストールが必要なもの。import も必要。

　プログラムの部品となる型や組を保持することから，モジュールは，ライブラリとも呼ばれる。

pip コマンドでインストールするモジュール

　外部モジュールのインストールは，Python 言語のルールで決めてあるpip コマンドまたはそれ以外を使う必要があります。
　pip コマンドが，その外部モジュールをインターネット上からダウンロード＆インストールします。

実習１

• Anaconda を自分のPCにインストールする。ダウンロードだけで，１時間以上かかる場合あり。
• このページの上記，参照のこと
• 自分の PC から，Jupyter Notebook を起動する。Jupyter Lab は，Jupyter Notobook の進化版である。慣れないうちは触らない方がよい。
• Win の場合は，画面右下のスタートボタンから開始できる。
• Mac の場合は，以下を参考にどうぞ。
• https://eightyfivelife.com/2019/09/mac-anaconda-jupyter-notebook-install/

実習２

　pip コマンドを使って，py3Dmol 外部モジュールをインストールします。以下を 自分のPCの中の Jupyter Notebook のセルで実行してください。

まず，pip コマンド自体を最新に更新します。

!pip install --upgrade pip

次，pip コマンドを使って，py3Dmol 外部モジュール をインストールします。

!pip install py3Dmol

次，py3Dmol モジュールの py3Dmol.view 型変数を使って，ビタミンC の分子を表示します。

import py3Dmol
view = py3Dmol.view(query='cid:5785', viewergrid=(1,2))
view.setStyle({'stick': {}}, viewer=(0,0))
view.setStyle({'sphere': {}}, viewer=(0,1))
view.show()

• マウスの左ボタンを押したまま動かすと回転
• マウスの右ボタンを押したまま動かすと拡大・縮小

cid の値が分子を決めます。PubChem ID です。

(⇒ https://ja.wikipedia.org/wiki/PubChem)

例

• クエン酸 311
• 水 962
• アスピリン 2244
• インフルエンザA型　 141537169
• インフルエンザB型　 DB10775
• インフルエンザC型　 760571
• アミノ酸各種 第１１回目のデータで扱う

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質問と返答

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講義メモ(先生のための覚え書き)