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インストール
Python公式等からダウンロードできます．
(追記：こちらのほうがわかりやすいです．)
このとき、使っているOSの種類に注意しましょう．
バージョンは最新のものでいいと思います．
ダウンロードしたら指示に従ってインストールするだけです．
NumPy
数値計算用のライブラリ『NumPy』です．
Pythonをインストールした上で、
pip install numpy
を実行すればインストールできます。
参考：NumPy、pandas、Matplotlib をpipでインストールする方法
RDKit
pipだけでは無理のようなのでAnacondaかMinicondaを入れる必要があります．
RDKit公式
RDKitドキュメンテーション非公式日本語版サイト
RDKit環境構築を行いjupyter-notebookでベンゼンを表示させる
その他ライブラリ
必要な時にpipでインストールします。下のサイトで検索できます。
The Python Package Index (PyPI)
実行方法
Pythonファイルは ___.py という形式でつくります。
そこに好きなエディタでPythonコードを書いたら、
コマンドライン上で実行したいファイルが存在するディレクトリに移動してから、
python ___.py
と打てばプログラムが実行されます。
学習用リンク
Python公式
Python Japan
Python入門
Pythonの基礎
変数
演算子
変数とデータ型
list, tuple, dictionary, set型
if, for, while文
配列のループ
プログラム例
gjfファイルからpdbファイルに座標情報を写すときのプログラム例
# 座標取り出すためにgjfファイル読み込み
f_gjf_R = open('./___.gjf')
f_gjf_R_lines = f_gjf_R.readlines()
f_gjf_R.close()
# 変数準備
Thr40_cart_list = []
Ser105Gln106_cart_list = []
Asp187_cart_list = []
Hid224_cart_list = []
RPP_cart_list = []
# ループ
for i in range(116):
# １行ずつ処理
line = f_gjf_R_lines[i+6]
# １行を空白で区切ってlistに分解
line_list = line.split()
# xyz座標取り出し, 小数第４位を四捨五入
x = str('{:.3f}'.format(float(line_list[1])))
y = str('{:.3f}'.format(float(line_list[2])))
z = str('{:.3f}'.format(float(line_list[3])))
# 条件分岐
if i < 14:
# コメントアウトされているprint関数は本番実行前にコメントインして正常に動くか試す
# print(f'Thr40_cart: [{x},{y},{z}]')
Thr40_cart_list.append([x, y, z])
elif i < 47:
# print(f'Ser105Gln106_cart: [{x},{y},{z}]')
Ser105Gln106_cart_list.append([x, y, z])
elif i < 59:
# print(f'Asp187_cart: [{x},{y},{z}]')
Asp187_cart_list.append([x, y, z])
elif i < 76:
# print(f'Hid224_cart: [{x},{y},{z}]')
Hid224_cart_list.append([x, y, z])
else:
# print(f'RPP_cart: [{x},{y},{z}]')
RPP_cart_list.append([x, y, z])
# print(len(Thr40_cart_list))
# print(len(Ser105Gln106_cart_list))
# print(len(Asp187_cart_list))
# print(len(Hid224_cart_list))
# print(len(RPP_cart_list))
# 座標書き換えの準備のためpdbファイル読み込み
f_pdb = open('./___.pdb')
f_pdb_lines = f_pdb.readlines()
f_pdb.close()
for i in range(116):
if i < 14:
line = f_pdb_lines[i+541]
line_list = line.split()
new_line = line.replace(line_list[5], Thr40_cart_list[i][0])
new_line = new_line.replace(line_list[6], Thr40_cart_list[i][1])
new_line = new_line.replace(line_list[7], Thr40_cart_list[i][2])
f_pdb_lines[i+541] = new_line
# print(f'Thr40: {f_pdb_lines[i+541]}')
elif i < 47:
line = f_pdb_lines[i-14+1519]
line_list = line.split()
new_line = line.replace(line_list[5], Ser105Gln106_cart_list[i-14][0])
new_line = new_line.replace(line_list[6], Ser105Gln106_cart_list[i-14][1])
new_line = new_line.replace(line_list[7], Ser105Gln106_cart_list[i-14][2])
f_pdb_lines[i-14+1519] = new_line
# print(f'Ser105Gln106: {f_pdb_lines[i-14+1519]}')
elif i < 59:
line = f_pdb_lines[i-47+2734]
line_list = line.split()
new_line = line.replace(line_list[5], Asp187_cart_list[i-47][0])
new_line = new_line.replace(line_list[6], Asp187_cart_list[i-47][1])
new_line = new_line.replace(line_list[7], Asp187_cart_list[i-47][2])
f_pdb_lines[i-47+2734] = new_line
# print(f'Asp187: {f_pdb_lines[i-47+2734]}')
elif i < 76:
line = f_pdb_lines[i-59+3283]
line_list = line.split()
new_line = line.replace(line_list[5], Hid224_cart_list[i-59][0])
new_line = new_line.replace(line_list[6], Hid224_cart_list[i-59][1])
new_line = new_line.replace(line_list[7], Hid224_cart_list[i-59][2])
f_pdb_lines[i-59+3283] = new_line
# print(f'Hid224: {f_pdb_lines[i-59+3283]}')
else:
line = f_pdb_lines[i-76+4634]
line_list = line.split()
new_line = line.replace(line_list[5], RPP_cart_list[i-76][0])
new_line = new_line.replace(line_list[6], RPP_cart_list[i-76][1])
new_line = new_line.replace(line_list[7], RPP_cart_list[i-76][2])
f_pdb_lines[i-76+4634] = new_line
# print(f'RPP: {f_pdb_lines[i-76+4634]}')
# pdbファイル上書き
# 正常に動作するか確認するために最初はコメントアウト(代わりにprintをコメントイン)
# f_new_pdb = open('./___.pdb', 'w')
# f_new_pdb.writelines(f_pdb_lines)
# f_new_pdb.close()
.
