Amber

ページ名:Amber

メモ程度の内容です.詳細は下のリンクを参照してください.


マニュアル

Amber19.pdf


コマンド

LEaP (13章)

 tleap -f ___.tleap

水素つける、topとcrdができる.


antechamber (15章)

 antechamber -i ___.pdb -fi pdb -o ___.gjf -fo gcrt

pdbからgjfつくる.


antechamber -i .gjf -fi gcrt -o .pdb -fo pdb

gjfからpdbつくる.


ambpdb (29章)

 ambpdb -p ___.top < ___.rst > ___.pdb

pdbつくる.


cpptraj (30章)

 cpptraj ___.top ___.ptraj

重心揃える.


オプション

 -h

helpを表示.ほとんどのコマンドで使える.


参考











































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