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初回起動時に"Please enter favorite animal (あなたの好きな動物を入力して下さい)"、続いて"Please describe your role in a team dynamic (あなたのチーム内での役割を入力して下さい)"と問われるがこれらに正解はなく、目的も現時点で公言されていない為、適当にカチャカチャやってるだけで進める。

上記の操作後と初回起動以降は常にCLIのような振る舞いをし、プレイヤーからのコマンド入力を待つ。

ほとんどの名詞には略語を用いることができ、頭文字3文字ないし最初の一語のみ入力すれば認識してくれる。コマンド確定時の"CONFIRM","DENY"の代わりに"C","D"を用いることもできる。

またあらゆるコマンドは最初の画面から使用でき、例えばMOONSやSTOREといったコマンドはマップ変更、購入に必須ではない。

コマンドリスト

コマンド	翻訳	説明
HELP	使用できるコマンドの一覧を表示する。	ターミナルの基本的なコマンドを表示する。
MOONS	自動操縦で移動することのできる衛星のリストを表示する。	移動できる衛星を確認できる。一部マップには入場料が設定されており、危険な生命体がいる確率が高いが、より良い戦利品を得ることが出来る。 "route"は省略可能。
STORE	カンパニーストアの便利なアイテムの一覧を見ることが出来る。	ゲームを進めるのに必要不可欠なアイテムを購入できる。 "buy"は省略可能。
BESTIARY	記録されている原生生物のリストを表示する。	スキャンした生物の名前や詳細を見ることが出来る。
STORAGE	ストレージに保管しているオブジェクトにアクセスする。	船内の設備やインテリアを、Vキーで配置換えモード→Xキーでストレージに送る事ができる。(一部の重要な設備は収納不可) storageコマンドではストレージ内に入れた一覧を確認でき、ストレージ内のアイテムの名前を入力するとアイテムを取り出せる。
OTHER	その他のコマンドを表示する。

OTHER コマンド	翻訳	説明
VIEW MONITOR	メインモニターのマップカメラのオン／オフを切り替える。	ターミナルにメインモニターと同じ画面を表示する。表示中もコマンドは使用可能。
SWITCH [Player name]	メインモニターに表示されるプレイヤーを切り替える。	モニターで特定のプレイヤーを表示させられる。 "switch"のみ入力した場合はモニター横のボタン同様、順番に対象が切り替わる。
PING [Radar booster name]	Radar-Boosterから雑音を再生する。	ダミーの音声で他のプレイヤーを導いたり一部の敵を引きつけたりできる。
TRANSMIT [message]	Signal Translatorでメッセージを送る。	9文字以内のメッセージを全てのプレイヤーに送信できる。 Signal Translatorがないと使えない。
SCAN	現在の惑星に残っているアイテムの数をスキャンする。	惑星に残っているスクラップの数と総額が表示される。

その他のコマンド
FLASH [Radar booster name]	Radar-Boosterが激しい光を放ち、周囲にスタングレネードと同等の効果を与える。
SIGURD	宇宙船の以前の使用者であったSigurdという社員が残した記録を表示する。記録は「View 記録名」で閲覧できる。各惑星に落ちているデータチップを拾うことで、閲覧できる記録が追加される。
EJECT	確認の後、即座にゲームオーバーになる。

遠隔サポート

マップ出撃中は船のメインモニターから仲間の周りの地図情報とアイテムや敵の位置が確認できる。
建物内のアルファベットと数字が書かれた扉、タレットと地雷はターミナルからハッキングができ、扉の開閉やトラップの一時的な無効化ができる。やり方は簡単で、メインモニターに表示されている文字列(アルファベット+数字の形式。例:a1)を入力するだけ。何も書かれていなけれなければその部屋は何もなく、逆に文字列が表示されている部屋は何かしらの仕掛けがある。